L’Agence Béninoise pour l’Environnement est une entité juridique indépendante avec une gestion autonome. Elle est placée sous la tutelle du Ministère du Cadre de Vie et des Transports chargé du développement durable.
Son organe décisionnaire est le conseil des ministres, qui assume les responsabilités qui incombent à l’actionnaire unique ou à l’assemblée générale des actionnaires. Son administration est assurée par un conseil d’administration, tandis que la direction générale est responsable de sa gestion opérationnelle.